Hamile bir kadının aşılanması ile gelişmekte olan fetusta bir risk oluşabilmesi sadece teorik bir temele dayanmaktadır.İnaktive edilmiş virüs veya bakteri aşıları ile toxoid dediğimiz aşıların gebelikte fetusa zararlı olabileceği düşünülmektedir. Korunulması istenilen hastalığa yakalanma ihtimalinin yüksek olduğu durumlarda aşılanmanın riski göze alınabilir gibi görülmektedir. Eğer canlı bir aşı hamilelikte tesadüfen uygulanırsa veya aşıdan sonraki 4 hafta içinde hamile kalınmışsa bu aşının teorik riskleri olmakla beraber, bu durum genellikle gebeliği sonlandırma gerekçesi olmamaktadır. Hepatit B, Grip, Tetanoz, Difteri aşıları gebelikte uygulanabilir aşılardır. Hepatit A, HPV, Boğmaca aşıları doktora danışılarak yapılmalıdır. Kızamıkçık, Kızıl, Kabakulak aşıları ile Menenjit, Çocuk Felci ve Su çiçeği aşılarınınn gebelikte yapılması önerilmez; bu aşılardan sonra 1 ay gebelikten korunulması tavsiye edilmektedir. Mutlaka aşılanılması gereken durumlar varsa, gebeliğin ilk 3 ayının bitmesini beklemek uygundur. Gereklilik halinde gebelikte kuduz aşısı çekinmeden yapılmalıdır.