Kadında östrojen hormonu, beyindeki sinir hücrelerinin koordinasyonu ve çalışması, beynin değişik bölümlerinin faaliyeti, kavrama kabiliyeti ve hafızanın düzenli olması, uyku kalitesi gibi zihinsel faaliyetlerin gerçekleşmesinde pozitif yönde etki etmektedir. Menopoza giren bir kadına östrojen verilerek beyin kan akımının artması, beyin hücrelerine zararlı olan maddelerin ortadan kaldırılması, bu hücreler arası elektrik akımının hızlanması vasıtasıyla özellikle Alzheimer hastalığının önlenmesi teorik olarak mümkündür. Ancak menopoz sonrası östrojen tedavisi verilerek yapılan çalışmalarda böyle bir etki ispat edilmemiştir. Bu etkinin oluşabilmesi için östrojen tedavisinin menopoza girerken, veya menopozun erken dönemlerinde başlanılmasının anlamlı olduğu düşünülmektedir.